WTO的组织机构分三个层次：最高层是部长会议，这是WTO体系的最高决策机构；其次是总理事会，总理事会也是贸易政策审核机构，在发生贸易争端时，总理事会起争端裁决的作用，相当于国际法庭；第三层是理事会和各专门委员会。理事会有3个，它们分别是货物贸易理事会、知识产权贸易理事会和服务贸易理事会。各专门委员会有贸易和环境委员会、贸易和发展委员会、地区贸易委员会、付款限制平衡委员会、预算财务和行政委员会，以及接纳新成员工作组、贸易和投资关系工作组、政府采购透明性工作组。

　　在货物贸易理事会中，设有市场准入委员会，农业委员会、动植物检疫委员会（SPS）、贸易技术壁垒委员会（TBT）、补偿和补贴委员会、海关许可委员会、原产地原则委员会、进口许可证委员会、贸易投资方法委员会、安全委员会、纺织品监管工作组、国营贸易企业工作组和装船前检验工作组。 在服务贸易理事会中，设有金融服务委员会、特别承诺委员会、专业服务工作组和服务贸易总协定规则工作组。 WTO的各个成员有权参加上述工作机构的会议，位于日内瓦的WTO总部承担这些机构的秘书处的日常工作。每个成员都有固定的部门代表成员政府负责参加WTO的工作并有相对稳定的人员负责有关文件的处理。通过这些机制，WTO将全世界的贸易和个人联在一起，形成一个巨大的工作网。